RAPTOR

تفصیل

ریپٹر ایک جدید سافٹ ویئر ہے جو پروٹین کے ڈھانچے کی درست پیشن گوئی کے لئے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ یہ ایک مربوط سافٹ ویئر حل میں جدید تجزیہ ٹولز کو جوڑتا ہے اور تھریڈنگ کے تین مختلف طریقے مہیا کرتا ہے۔ RAPTOR کی منفرد انٹیجر پروگرامنگ آپٹیمائزیشن نقطہ نظر کم ترتیب ہومولوجی کے ساتھ اہداف کے ڈھانچے کے سانچوں کو تلاش کرنے کے لئے سب سے زیادہ مؤثر ہے اور اعلی معیار کے ماڈل تیار کرنے کے قابل ہے۔ استعمال میں آسان انٹرفیس اور آسانی سے سمجھنے والی E اقدار ابتدائیوں اور ماہرین کے لئے مثالی ہیں۔ سب سے بڑھ کر ، آؤٹ پٹ کا بدیہی ڈسپلے صارفین کو ایک نظر میں نتائج کو سمجھنے کے قابل بناتا ہے۔ ایک ہدف پروٹین تسلسل کو دیکھتے ہوئے ، اگر معلوم شدہ 3D ڈھانچہ کے ساتھ ایک ہمولوگس پروٹین موجود ہے تو ، اس کو پی پی آئی - بلاسٹ جیسے سیکس سرچ ٹولز کا استعمال کرکے بھی پایا جاسکتا ہے ، جو ریپٹر میں بھی مہیا کیا گیا ہے۔ اس کے بعد ہدف کا ڈھانچہ معلوم ڈھانچے سے بنایا گیا ہے۔ تاہم ، جب تسلسل ہومیوولوجی اہم نہیں ہے ، یعنی 25 than سے کم ، PSI-BLAST پر اعتماد نہیں ہوسکتا ہے۔ PSI-BLAST کے برعکس ، جو محض ایک تسلسل کی تلاش ، پروٹین تھریڈنگ ، گنا کو پہچاننے ، ہوموگولوجی اور ساخت کی معلومات دونوں کا استعمال کرتا ہے۔ یہ نامعلوم ڈھانچے کے ساتھ معروف ڈھانچے کے ڈیٹا بیس کے خلاف پروٹین ترتیب کو اسکین کرتا ہے۔ اسکورنگ فنکشن کا استعمال کرکے اور سہ جہتی ڈھانچے اور لکیری پروٹین تسلسل کے مابین مطابقت کے تجزیے کا انعقاد کرکے ، بہترین ساختی ٹیمپلیٹ کی نشاندہی کی جائے گی جس میں سے ترتیب کی ساخت کو تشکیل دیا جائے۔ اس کے نتیجے میں ، پروٹین تھریڈنگ ہومولوجی ماڈلنگ کی نسبت ایک اعلی پیش گوئیاں پیش کرتی ہے جب حاشیہ ترتیب ہوموولوجی ہوتی ہے۔